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科技日?qǐng)?bào)北京1月16日電 （實(shí)習(xí)記者張佳欣）近日發(fā)表在《自然·方法》雜志上的一篇新論文中，美國加利福尼亞大學(xué)圣克魯斯分校（UCSC）的研究人員介紹了有史以來第一種使用“泛轉(zhuǎn)錄組”分析全基因組RNA測序數(shù)據(jù)的方法。
分析一個(gè)人的基因表達(dá)需要將他的RNA圖譜映射到一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)參照物，以深入了解基因在多大程度上“開啟”并在體內(nèi)發(fā)揮功能。但當(dāng)參照物不能提供足夠的信息來進(jìn)行準(zhǔn)確映射時(shí)，研究人員可能會(huì)遇到問題，這被稱為參照偏差。由UCSC生物分子工程副教授本尼迪克特·帕特恩領(lǐng)導(dǎo)的一組科學(xué)家發(fā)布了一個(gè)工具包，允許研究人員將個(gè)人的RNA數(shù)據(jù)映射到一個(gè)更豐富的參照物上，解決參考信息的偏差，并帶來更準(zhǔn)確的映射。
研究人員表示，泛基因組和轉(zhuǎn)錄組的結(jié)合在此前從未真正完成過，這是第一次有人嘗試將泛基因組作為RNA測序圖譜的標(biāo)準(zhǔn)特征。該工具將幫助世界各地致力于通過RNA測序分析了解基因表達(dá)的研究人員。
“有了這個(gè)工具包，我們正在利用從泛基因組獲得的更多樣化的數(shù)據(jù)來改進(jìn)基因表達(dá)數(shù)據(jù)的測量，這一點(diǎn)在個(gè)體之間可能會(huì)有很大的差異。”帕特恩說，“這樣做的目的是讓人們?cè)陉P(guān)注基因表達(dá)的研究中感受到更多樣化的數(shù)據(jù)的影響，從而更好地分析細(xì)胞模型、有機(jī)體模型和其他研究應(yīng)用。”
繪制RNA測序數(shù)據(jù)以了解基因表達(dá)可能很困難，因?yàn)镽NA序列是由細(xì)胞機(jī)制拼接而成的，這意味著一組RNA數(shù)據(jù)可能來自基因組的非連接區(qū)域，這使得將它們正確地與參照物對(duì)齊成為一種挑戰(zhàn)。這些剪接點(diǎn)在人類群體中因人而異并不統(tǒng)一，也很難知道RNA來自哪個(gè)單倍型。
利用新的開源工具，研究人員可獲取個(gè)體RNA的拼接片段，繪制它們?cè)诜夯蚪M上的排列位置，確定數(shù)據(jù)屬于哪種單倍型，并分析基因表達(dá)。
標(biāo)簽： 泛轉(zhuǎn)錄組 RNA測序
