視訊!古DNA研究者付巧妹:過去有我們想象不到的可能性

2023-03-27 10:14:19

·“希望通過解碼古DNA,了解過去發(fā)生了什么,又如何造就了人類的現(xiàn)在。很多常識并不是絕對的知識,過去有很多我們想象不到的可能性。”

·“上世紀(jì)90年代,有學(xué)者對化石、恐龍蛋等的DNA進(jìn)行研究,最終發(fā)現(xiàn)提取的DNA都來自于污染,如果當(dāng)時因?yàn)檫@個錯誤就止步不前的話,也就沒有近十幾年古DNA對人類演化的巨大幫助。”

“現(xiàn)代人是不是就是指現(xiàn)在正在生活的人?不僅僅如此?,F(xiàn)代人包括現(xiàn)在生活的人,還包括跟我們體質(zhì)特征沒有明顯區(qū)別的人,他們存在的時間至少可以追溯到20萬年前,也就是說,現(xiàn)代人在20萬年前就已經(jīng)出現(xiàn)了。”“古DNA除了讓我們了解過去,也讓我們產(chǎn)生反思。” 3月25日下午,在杭州西湖大學(xué)湖心講堂上,中國科學(xué)院古脊椎動物與古人類研究所古DNA實(shí)驗(yàn)室主任付巧妹研究員在演講時說。


【資料圖】

付巧妹主要從事演化遺傳與群體遺傳方面的研究,2009年-2013年,她在德國馬克思·普朗克進(jìn)化人類研究所(Max Planck Institute for Astronomy)攻讀演化遺傳學(xué)博士學(xué)位,師從2022年諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎得主斯萬特·帕博(Svante P??bo)。

2017年,付巧妹團(tuán)隊(duì)成功獲取了中國第一例人類古基因組——40000年前北京田園洞人的古基因組,這也是目前為止東亞最古老的早期現(xiàn)代人基因組,《科學(xué)》(Science)雜志評價其填補(bǔ)了東亞在地理和時間尺度上的巨大空白,正式為東亞人群遺傳演化研究打開局面。付巧妹團(tuán)隊(duì)還在其他歐亞人群研究上取得重大突破,幫助重寫了歐洲最早的現(xiàn)代人類歷史,豐富了人類演化過程的細(xì)節(jié)知識。因成果顯著,她被《自然》(Nature)評為“中國十大科學(xué)之星”之一。

古DNA研究很難,最主要的難點(diǎn)在于對古DNA的提取。付巧妹介紹,在聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)技術(shù)時代,即便是從骨骼中獲取古DNA,本源DNA也非常少,很多都是微生物的DNA。二代測序技術(shù)出現(xiàn)以后,科學(xué)家們才得以將污染和本源DNA區(qū)別開,于是有了在污染情況下從事古DNA研究的條件。

了解那么遙遠(yuǎn)的過去有什么用?付巧妹表示,她研究的初心是,希望通過解碼古DNA,了解過去發(fā)生了什么,又如何造就了人類的現(xiàn)在。“古DNA除了讓我們了解過去,也讓我們產(chǎn)生反思。”她從四個方面展示了她們團(tuán)隊(duì)近年來在東亞尋蹤的成果。

解碼新疆和西藏人群

付巧妹團(tuán)隊(duì)最新的研究成果是一項(xiàng)關(guān)于青藏高原人群互動交流歷史的研究,3月17日,該研究成果在線發(fā)表于《科學(xué)進(jìn)展》(Science Advances)。“我們在2013年以前就在醞釀這個項(xiàng)目了,到2014年才第一次去西藏,一直到2023年,成果才出來。”付巧妹介紹,她們希望解答西藏不同區(qū)域的人群變化,當(dāng)時主要局限在于,西藏東南部和西部沒有太多數(shù)據(jù)。

經(jīng)過多年的努力,她們發(fā)現(xiàn),5100年前在青藏高原生活的人群已經(jīng)有非常獨(dú)特的北方人群特點(diǎn),從5100年到現(xiàn)在的西藏人群就是東亞北方人群,其中少量遺傳成分是未知的亞洲成分。近1000年以來,西藏人群受到了低海拔地區(qū)的東亞人群的影響。

西藏內(nèi)部的源流和不同的區(qū)域有關(guān),不同區(qū)域(東南部、東北部、南部、中部)人群的遺傳結(jié)構(gòu)有些不同,在南部生活的人群對西部和東南部人群的影響非常大,且這個影響和雅魯臧布江有直接聯(lián)系。此外,在前吐蕃時期,生活在日喀則的古人群對那曲的人群有重大影響,說明當(dāng)時當(dāng)?shù)厝巳旱某煞趾徒涣鞲瓮醭呐d起與衰落有很大的關(guān)系。

在青海宗日遺址,付巧妹團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn),從5100年到3000多年,當(dāng)?shù)仉m然以青藏高原的人群為主,但4700年前人群混有黃河流域人群的成分,與考古相結(jié)合,她們認(rèn)為這反映了粟黍作農(nóng)業(yè)的影響。

另一點(diǎn)意外的發(fā)現(xiàn)是,現(xiàn)在的西藏人中,86%的人都和丹尼索瓦人有類似的高原適應(yīng)性基因,但在5000多年前,甚至到3000多年前的古人群當(dāng)中,這一比重還不足一半,86%的高比例可能是在最近的1000年才出現(xiàn)的。付巧妹團(tuán)隊(duì)?wèi)岩蛇@不是人群交流的結(jié)果,而很有可能是受到了基因突變的正向選擇(某一位點(diǎn)逐漸積累,成優(yōu)勢的位點(diǎn)),以幫助他們適應(yīng)青藏高原的環(huán)境。

新疆也是人類歷史上重要的文化和人群交匯區(qū)。據(jù)付巧妹介紹,她們在新疆的研究從2016年開始,到2022年完成。她們研究發(fā)現(xiàn),在5000多年前,新疆地區(qū)的人群主要是古北亞相關(guān)人群成分,在3000年前后的鐵器時代,相關(guān)人群有更多樣的變化,歐亞草原文化在不斷融入。她們還發(fā)現(xiàn),5000多年前,古新疆人群是棕色眼睛,深色頭發(fā),一直到鐵器時代,出現(xiàn)了少量的淺色眼睛,淺色頭發(fā)人群。

人類是一脈相承的嗎?

末次冰期是距今最近的一次冰河時期,約于70000年前開始,于11500年前完結(jié),猛犸象等動物就在這一時期滅絕。末次冰期最寒冷的階段大約在27000年至19000年前,被稱為末次盛冰期。付巧妹團(tuán)隊(duì)想知道,“在環(huán)境局限使人類面臨非常大的挑戰(zhàn)的情況下,人類是否像我們想象的那樣,在一個地方一脈相承,不斷演化?”

“直到2017年,中國才在北京房山獲得了第一例人類古基因組——40000年前的田園洞人。我們想系統(tǒng)了解整個冰河時期東亞的演變,但通過田園洞人的個體很難反映出來,所以這個研究耗時非常長。”付巧妹說。

付巧妹團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn),在末次盛冰期,田園洞人對北方地區(qū)的人群影響很大,除了北京房山之外,在黑龍江區(qū)域,甚至到蒙古,田園洞人都廣泛存在。但到了末次盛冰期快結(jié)束時(19000年前),這些地區(qū)的田園洞相關(guān)人群就“消失”了。說明在末次盛冰期結(jié)束時,這個地區(qū)的人群發(fā)生了很大的變化,而非我們印象中的“一脈相承”。另一個有意思的現(xiàn)象是,14000年以來生活在黑龍江的人經(jīng)歷了10000多年的演變,和現(xiàn)在的人群仍然是非常相似的,基本沒有受到大量外來影響,并且研究發(fā)現(xiàn),美洲原住民的東亞成分主要來源于黑龍江區(qū)域的古人群。

付巧妹表示,在冰河時期,無論是歐洲還是亞洲,與適應(yīng)性相關(guān)的基因是有變化的。比如歐洲人的藍(lán)眼睛是在14000年之后才出現(xiàn)的。“很多常識并不是絕對的知識,過去有很多我們想象不到的可能性。”付巧妹說道。

滅絕古人類對現(xiàn)代人有影響?

2005年,《科學(xué)》雜志發(fā)布125個最具挑戰(zhàn)性的科學(xué)問題,其中就包括至今有多少人和我們共存過,他們之間有何關(guān)聯(lián)?2021年,《科學(xué)》雜志對125個科學(xué)問題進(jìn)行了更新,這個問題實(shí)際上仍在其中。

為了解決這個問題,付巧妹團(tuán)隊(duì)開始尋找已滅絕的古人類的蹤跡。她們曾在阿爾泰山脈的丹尼索瓦洞穴中通過一個小手指骨第一次發(fā)現(xiàn)丹尼索瓦人,她們想進(jìn)一步了解丹尼索瓦人在亞洲,尤其是東亞的分布。她們所用的方法是,從古人類生活過的土中獲取古DNA來進(jìn)行研究。她們從沉積物(土)中捕獲了242種哺乳動物的DNA,利用雜交的原理,洗滌不相關(guān)的DNA,富集感興趣的DNA,再進(jìn)行生物信息分析,看其中是否存在人類的DNA。

付巧妹團(tuán)隊(duì)在將近20個遺址進(jìn)行了尋找,目前只在甘肅南部海拔3200米的白石崖溶洞中找到了丹尼索瓦人DNA。“它告訴我們白石崖溶洞的人和丹尼索瓦洞穴的人存在著聯(lián)系,雖然這兩個地方距離非常遠(yuǎn)。”付巧妹說。丹尼索瓦人DNA對現(xiàn)代人中的不少人群都有影響。例如前述青藏高原的人群,和丹尼索瓦人相似的基因讓他們更加適應(yīng)高原環(huán)境。這項(xiàng)研究在2020年入選為國際人類起源研究十大新認(rèn)知之一。

另一個例子是40000年前的田園洞人。付巧妹團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn),田園洞人除了是東亞人之外,還和當(dāng)時的一群歐洲人有聯(lián)系。2017年,她們猜測二者之間的遺傳聯(lián)系不是因?yàn)榛蚪涣?,而是一種未知的現(xiàn)代人將他們聯(lián)系了起來。2021年,她們找到了這群人。“這是做科研很重要的魅力,我們在不斷探尋的過程中找到了很重要的發(fā)現(xiàn),但在這個過程中會有更多可能,且有很多推測得到證實(shí),這是讓人非常興奮的。”付巧妹表示。

南北方人群差異超乎想象

我們都熟悉南北方差異。付巧妹是個南方人,她對南北方差異的體會是,第一次進(jìn)入北方的大學(xué)時,吃到咸豆腐腦,她覺得很詫異,到處找糖,但找不到。這讓她后來在碩士課題的基礎(chǔ)上,萌生研究古南北方人群遺傳特點(diǎn)的想法。“過去的南北方差異和現(xiàn)在的差異跟我們想象的完全不一樣。”付巧妹說。

總結(jié)幾項(xiàng)研究,付巧妹指出,南北方人群至少在19000年前就已經(jīng)分化,19000年就已經(jīng)存在了古北方人,在南方,至少12000年前就存在對現(xiàn)在有影響的古南方人群。

付巧妹團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn),古南北方人群的差異遠(yuǎn)大于現(xiàn)在南北方人群的差異,并且古南方人群和現(xiàn)在南方人群之間的差異遠(yuǎn)大于古北方人群和現(xiàn)在北方人群之間的差異。分析發(fā)現(xiàn),在3000-4000年之后,大量的古北方人對南方產(chǎn)生了很大的影響,現(xiàn)在的南方人群中有大量北方人群的混合成分。

這說明南北方古人群存在遷移和融合的過程,同時,這和歐洲人群的演化過程又不同。歐洲沒有本土農(nóng)業(yè),農(nóng)耕人群是外來人群,所以現(xiàn)在的歐洲人中不到一半的遺傳成分來自狩獵采集,其他成分都是外來的。而在中國,古南北方人群雖然已經(jīng)分化,但相互之間的交流是內(nèi)部交流,并未受到大量外來人群的影響。

演講的最后,付巧妹表示,“希望大家能有更多思考,尤其對于一些新的學(xué)科,不要希望它可以一蹴而就。”她提到,上世紀(jì)90年代,有學(xué)者對化石、恐龍蛋等的DNA進(jìn)行研究,最終發(fā)現(xiàn)提取的DNA都來自于污染,如果當(dāng)時因?yàn)檫@個錯誤就止步不前的話,也就沒有近十幾年古DNA對人類演化的巨大幫助。

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